Komórki iPS mogą zostać podzielone na dwa typy: pierwotne (ang. primed) i naiwne (ang. naive). Komórki naiwne posiadają cechy mysich embrionalnych komórek macierzystych izolowanych z węzła zarodkowego blastocysty embrionu przed implantacją, w przeciwieństwie do pierwotnych iPSC, które przypominają komórki pochodzące z mysich epiblastów po implantacji. Naiwne komórki pluripotentne charakteryzują się takimi cechami jak: brak inaktywacji chromosomu X w komórkach otrzymanych od żeńskich dawców oraz możliwość różnicowania się do komórek wszystkich trzech listków zarodkowych bez skłonności do preferencyjnego różnicowania się do jednego z typów. Wynika to z faktu, że ich profil metylacyjny jest bardziej zbliżony do tego, który jest obecny w embrionalnych komórkach macierzystych niż w przypadku pierwotnych iPSC. Ponadto, hodowla komórek naiwnych jest mniej skomplikowana niż w przypadku komórek pierwotnych.

W Celther Polska obecnie prowadzone są działania mające na celu ustabilizowanie linii naiwnych komórek iPS dla wygody hodowli oraz poszerzenia spektrum możliwych zastosowań.